인하대 최순자 총장은 이번 '댓글논쟁'에 관해 공식적인 사과문을 26일 인하대 홈페이지 '열린총장실'란에 게시했다. 최 총장은 "이러한 일이 일어난 모든 일은 총장의 책임이며, 미안하다고 정중히 사과했다"고 밝혔다. 

최 총장은 4월 졸업식과 관련, 인하대 홈페이지에 올라온 윤모군의 비판글과 갑작스런 4월 졸업식에 항의하는 퍼포먼스 제안에 대해 "이런 글을 올리는 정도라면 그 학위가 제대로 성숙한 사람에게 주는 것인지 의심스럽다"며, "대학원학위위원회에 제대로 평가한 것인지 확인하도록 하겠다"는 등의 댓글을 남겨 논란을 불렀다. 

또한 "학칙에 어긋나는 인성이나 사람 됨됨이에 문제가 있다면 학위증을 발급하지 않거나, 이미 발급된 학위증도 박탈할 수 있다"고도 밝혀 논란을 부추긴 바 있다. 

최 총장은 이와 관련 "윤군의 댓글에 대해 총장으로서 과민한 반응을 하여 미안하다"고 언급했며, "학위수여와 관련하여 대학원위원회에 총장으로서 이의 제기하는 것은 없을 것"이라고 말했다. 

또한 "이번 사건은 전적으로 총장의 책임이라고 생각한다"며, "여러분(인하대 구성원)은 일상으로 돌아가 각자 해야 할 일에 전념해 주시기 바란다"고 썼다. 그녀는 평소 "섬세한 소통을 한다고 했는데, 구성원의 이의제기에 부족함을 느낀다"며, 보다 나은 소통을 위하여 '소통이란?'의 주제로 토론 기회를 갖도록 하겠다고 밝혔다. 

이번 최 총장의 사과문에 대해 "개인적으로는 4월의 졸업식이 너무 좋았다", "총장님 응원합니다!", "빠른 대처와 사과문 감사합니다" 등의 긍정적인 반응이 뒤따랐다. 

하지만 최 총장의 사과문을 접한 일부 구성원은 최 총장의 "일상으로 돌아가 할 일에 전념해 주시기 바랍니다"라는 부분은, "내가(최 총장이) 사과했으니 더 이상의 논란은 만들지 말았으면 한다로 보인다"며 이번 사과가 일방적인 비난 여론을 잠재우기 위한 면피용이 아니냐는 비판도 제기됐다.

또한, "소통이란 주제의 토론 기회를 갖도록 하겠다고 밝힌 것을 응원하고 지지한다"고 말하며, 최 총장이 앞으로도 학내 구성원의 목소리에 귀 기울여 줄 것을 당부했다.